利用不同物种基因组之间功能区域顺序上、组织结构上的同源性, 克隆新基因、揭示基因功能、阐明物种进化关系及基因组的内在结构, 这便是比较基因组学。

通过不同物种间基因组序列的比较分析是获得大量非编码功能序列、功能信息序列的有效方法。

比较基因组学是对两条以上进化上有一定关系的DNA 序列进行比较分析, 根据所研究的生物学目来选择合适的比对DNA 序列、比较方法和比较策略, 是获得准确基因组信息的关键。