热启动PCR（hot start PCR）是一种改良的PCR方法，主要用来避免操作过程中产生非特异性序列的扩增。将DNA聚合酶与其他反应物隔绝，或是使用在高热状况下才会活化的聚合酶，避免在未达到设定温度前就开始反应。

热启动PCR有几种方式：

  • 蜡隔绝法：将除了聚合酶以外的反应物加入PCR管后，加滴熔融的石蜡；待石蜡凝固后再加入聚合酶。放入PCR仪开始反应升温后，石蜡融化浮至最顶层，聚合酶才与其他反应物混合。石蜡可同时作为防止蒸发用。
  • 热启动聚合酶（化学型）：经过化学分子修饰的聚合酶，高热下结构改变而启动。
  • 热启动聚合酶（抗体）：带有针对聚合酶的免疫抗体，高热下使抗体分离而启动。
  • 热启动聚合酶（共价键结）：改良自抗体型，使用小分子的化合物，阻塞聚合酶作用位置，高温下分离。