在分析基因组数据时,经常需要预测基因的RNA选择性剪切方式,即内含子和外显子的位置和数量。预测是基于RNA剪接的保守性序列“GU-AG”规则,即内含子5’端序列一般是GU,而3’端一般是AG,当然它们附近的序列也是有一定规律的,但不是很保守。根据这一特点并结合ORF, Blast等数据就可以对未知基因的成熟mRNA序列进行预测。

下面我推荐几个比较专业的RNA剪切预测网站:

1.  Augustus (功能相当强大,预测比较准确,并没有特种特异性,强烈推荐)

2. SplicePort (功能也很全面,推荐)

3. GeneSplicer (只针对以下几个物种:Plasmodium falciparum (malaria), Arabidopsis thaliana, human, Drosophila, and rice)

4. NetGene2 (只针对:Human, C. elegans, A. thaliana

5. MaxEntScan (只针对 Human)

PS:以上只针对某某物种的不代表其它物种不支持,只是结果可能不很准确,对于同一基因,可以参考结合以上不同的服务器给出的结果。

希望以上网站对需要的朋友有所帮助,如果您有什么问题,也可以在下面留言交流。