Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。比对过程中，先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值，然后根据相似性分数值将它们分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分数值。根据相似性分数值继续分组比对，直到得到最终比对结果。比对过程中，相似性程度较高的序列先进行比对，而距离较远的序列添加在后面。作为程序的一部分，Clusal可以输出用于构建进化树的数据。
Clustal程序有许多版本，ClustalW（Thompson等，1994），根据对亲缘关系较近的序列间空位情况，确定如何在亲缘关系较远的序列之间插入空位。同样，相似性较高的序列比对结果中的残基突变信息，可用于改变某个特殊位置空位罚分值的大小，推测该位点的序列变异性。
CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。
下列网站提供在线ClustalW服务:
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/
http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html
http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_clustalw.html
http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-e.html
ClustalW、ClustalX最新版本下载，目前最新版本为2.0.11，有WIN版本和Linux版本:
http://www.clustal.org/download/current/
EMBL的下载地址：
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/
参考文献：
Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG.
(2007). Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics, 23, 2947-2948.
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